El barrio debe su nombre a Eduardo Madero, comerciante de la ciudad que presentó tres proyectos de puerto, el último de los cuales fue aprobado por el entonces Presidente de la Nación Julio Argentino Roca en 1882.
El barrio de Puerto Madero está comprendido por las calles Brasil, Av. Ingeniero Huergo, Av. Eduardo Madero, Cecilia Grierson, y por el Río de la Plata, el Riachuelo y la Dársena Sur.
Limita con los barrios de Boca al sudoeste, San Telmo, Monserrat y San Nicolás al oeste y Retiro al norte, con la localidad de Dock Sud al sur, y con el Río de la Plata al este.
Desde su fundación la ciudad de Buenos Aires había tenido problemas para que los grandes barcos pudieran descargar lo que transportaban en sus orillas. La escasa profundidad del río hacía que los navíos no pudieran acercarse demasiado a la costa, debiendo permanecer lejos de ella y descargar sus pasajeros y mercaderías en grandes carretones o en lanchas.
En 1882 el gobierno nacional contrató al comerciante Eduardo Madero para que se encargara de la construcción de un nuevo puerto que solucionara estos inconvenientes. El proyecto de Madero (realizado por los ingenieros ingleses Hawkshaw, Son & Hayter) resultó elegido de entre muchos otros, quizás porque él era el sobrino del vicepresidente Francisco Madero. Entre las propuestas desechadas estuvo la del Ingeniero Huergo, con un sistema de dársenas abiertas al río, permitiendo el pasaje de barcos de gran tamaño en el futuro.
Pero el proyecto de Madero era mucho más pretencioso, complejo y costoso, ya que se trataba del relleno de toda la costa del Río de la Plata desde la calle Córdoba hasta la boca del Riachuelo con tierra y tosca, generando una inmensa isla artificial separada de la ciudad por cuatro diques y dos dársenas de acceso para los barcos. Para llegar por tierra, se construirían además cuatro puentes giratorios de última tecnología, conectando al puerto con el centro de Buenos Aires.
La construcción se inició el 1 de abril de 1887 y fue llevada adelante por la empresa inglesa Thomas Walker & Co. La Dársena Sur se inauguró el 28 de enero de 1889. La siguieron los Diques 1 y 2 (habilitados el 31 de enero y el 28 de septiembre de 1890, respectivamente), el Dique 3 (31 de marzo de 1892), el Dique 4 y la Dársena Norte (7 de marzo de 1897) y la primera etapa del Canal Norte (15 de julio de 1897). Finalmente, la etapa final del Canal Norte se habilitó el 31 de marzo de 1898, y la obra del Puerto se dio por terminada.
Al ritmo que avanzaba la obra de los diques y el relleno para la isla artificial, se construyeron los depósitos de mercaderías con fachadas de ladrillo que hoy se conocen como docks, diseñados también por Hawkshaw, Son & Hayter en Gran Bretaña. Se distribuyeron agrupados de a cuatro, del lado este de los diques, y fueron construidos por la compañía alemana Wayss & Freytag Ltd. entre 1895 y 1905. Se utilizaron dos modelos constructivos: de estructura de hierro y madera, y de estructura de hormigón armado; aunque todos fueron revestidos con ladrillo, dándoles una estética británica. Son de planta rectangular, con una sótano y dos o cuatro pisos altos, con grúas Armstrong & Mitchellinstaladas en las fachadas para poder elevar las mercaderías y almacenarlas.
Ya ocupado todo el lado este de los cuatro diques, hacia 1900 comenzaron a construirse más depósitos sobre la isla artificial. Primero se hicieron almacenadores de granos de hierro y chapa, y luego nuevos depósitos de hormigón armado. Al mismo tiempo, las compañías exportadoras de cereales y productos agrícolas fueron edificando sus propios silos y galpones de almacenamiento. A partir de 1902, Bunge y Born construyó a lo largo del Dique 2 todo el complejo de silos y depósitos para Molinos Río de la Plata, de los cuales hoy en día sólo quedan dos, reciclados por el empresario Alan Faena.
La Junta Nacional de Granos también avanzó con su propio conjunto de silos y almacenadores. Todavía quedan en pie las ruinas de uno de ellos, que queda como último vestigio del antiguo puerto cerealero. No fue demolido, ni se conocen proyectos para construir ese terreno, mientras la antigua estructura de hormigón pintada de blanco permanece frente al Parque Mujeres Argentinas.
Unos diez años después de terminado, Puerto Madero ya había quedado totalmente obsoleto, debido al aumento del tamaño cada vez mayor de los buques. El gobierno tuvo que encarar la construcción de un nuevo puerto, y esta vez siguió las ideas de Huergo de una serie de dársenas abiertas en forma de peine, y el resultado fue el Puerto Nuevo, que se inauguró en 1919 y sigue activo hoy en día.
Así, Puerto Madero entró en una decadencia de varias décadas, convirtiéndose en una de las zonas más deterioradas de la ciudad, con sus depósito abandonados y enormes terrenos baldíos que nunca llegaron a edificarse. Hubo muchas propuestas para reactivarlo o transformarlo para nuevas funciones: en 1925, 1940, 1960, 1969, 1971, 1981 y 1985, pero ninguna llegó a realizarse. Incluso en 1929 el arquitecto Le Corbusier se imaginó una gran plataforma sobre pilotes, adonde construir rascacielos de oficinas.
El 15 de noviembre de 1989, el Ministerio de Obras y Servicios Públicos, el Ministerio del Interior y la Municipalidad de la Ciudad de Buenos Aires firmaron el acta de constitución de una sociedad anónima denominada "Corporación Antiguo Puerto Madero". Teniendo como objetivo la urbanización del área, los gobiernos de la Nación y de la ciudad participaron como socios igualitarios.
Las 170 hectáreas del lugar tenían jurisdicciones superpuestas: la Administración General de Puertos, Ferrocarriles Argentinos y la Junta Nacional de Granos tenían intereses en la zona. El convenio firmado implicó la transferencia de la totalidad de las hectáreas a la Corporación Antiguo Puerto Madero S.A., en tanto que la Municipalidad de la Ciudad de Buenos Aires (MCBA) quedó a cargo de la reglamentación de la normativa de desarrollo urbano.
